医院外科是集脑外、胸外、肝胆、泌尿、胃肠、乳腺、甲状腺、血管、疝与腹壁疝、创伤外于一体技术全面的综合外科，是商丘市中医系统中最早成立的外科。多年来，该科牢记初心，不断创新，以“严谨、求实、创新、奉献”的工作作风，坚持“突出中医特色，微创治疗为主”的手段，既重视发挥传统中医外科特色与优势，又紧密结合现代外科技术。该科形成了以胸腔镜、腹腔镜、膀胱镜、肾镜、输尿管镜微创技术为基础，开展了腹腔镜与胰十二指肠镜双镜联合取石、大隐静脉微创激光治疗等技术。
该科在长期临床医疗行为中探索出中医药优势，在中医药保守治疗肠梗阻手术临界状态，泥沙性结石胆囊炎以及肝内外胆管结石的中医药应用，非坏疽非穿孔性阑尾炎的中医药治疗上均有疗效，脐灸及穴位贴敷能减轻患者临床症状及病痛，缩短患者住院周期。同时也形成了以赵玉东主任、吕志金副主任为科室带头人的学术水平高、结构梯队合理、奉献意识强、医德高尚的一流专业队伍。
目前，该院外科有高级职称4人，中级职称9人，医护人员22人。科室医护人员通过多次赴上海、北京、广州等地学习深造，已与北京医院、郑大一附院、医院医院知名专家建立了合作关系，医院医院开展工作。科室现有床位42张，年收治病人余人，开展手术余次，拥有专科层流手术间两间，专科门诊三间，门诊手术室两间，同时拥有storz超高清胸、腹腔镜、强生超声刀肾镜等一大批进口先进设备，并已购买体外碎石系统，全天24小时可随时进行体外碎石。
微创外科是外科的特色，是一场深刻的外科技术革命，其中以腹腔镜手术技术为典型，腹腔镜手术是一门新发展起来的微创方法，是未来手术发展的必然趋势，与传统手术相比，具有切口小、痛苦小、恢复快等优点。年起，该科就开始开展微创手术，目前已开展了经腔镜阑尾切除术、经腔镜胆囊切除术、经腔镜消化道穿孔修补、经腔镜肝囊肿开窗引流术、经腔镜胃癌根治术、经腔镜结直肠癌根治术、经腔镜腹股沟疝修补术、经腔镜膈疝修补术、腹腔镜切口疝修补术、经腔镜束带胃减重术、经腔镜胸腔肿物切除术、经腔镜肺大泡修补术等一批手术的微创治疗，减少了病人痛苦。