肝内胆管结石的诊断较复杂，除根据上述临床表现外，以往的手术发现和X线造影的结果，常为确定诊断的主要依据。X线造影中主要应用直接胆管造影法，如PTC和ERCP，特别是前者，能清楚地显示肝内胆管结石的分布情况，以及了解有无肝内胆管狭窄、完全阻塞或局限性扩张，对诊断和指导治疗有很重要意义。B超检查虽不如PTC或ERCP确诊率高，又不能帮助了解结石分布等详细情况，但在诊断肝内胆管结石仍有80%的准确性，其最大优点是方法简便且为无损伤性检查，故目前常作为肝内胆管结石的首选诊断方法。CT由于费用昂贵，又对肝内胆管含钙量较低的色素性结石的诊断正确率并不高于B超检查，一般较少应用。
另外，可以通过手术探查来诊断，即在手术中仔细探查肝内胆管，这是肝内胆管结石最可靠的诊断方法。手术中除顺序探查肝外胆管外，还应注意肝脏的触诊，特别是左肝叶的检查，有时还应用双合诊的检查方法，检查肝脏内有无结石存在。用取石钳、T管冲洗等方法探查肝内胆管；术中胆管造影常是肯定肝内胆管结石的诊断手段，并能用以指导和选择手术方式；术中胆道镜检查能在直视下看到肝内胆管分支内的结石，有时还能通过胆道镜用结石篮和气囊导管等取出结石。
肝内肝管结石的临床表现很不典型。在病程间歇期，可无症状，或仅表现为上腹轻度不适。但在急性期，则可出现急性化脓性胆管炎的症状，或不同程度的Charcot三联征，多数可能是合并的肝外胆管结石所造成。在无合并肝外胆管结石的病人，当一侧或一叶的肝内胆管结石造成半肝或某一肝段的肝内胆管梗阻，并继发感染时，可出现畏寒、发热等全身感染症状，甚至在出现精神症状和休克等急性重症胆管炎的表现时，病人仍可明显的腹痛和*疸。体检可扪及肝脏不对称性肿大和压痛，常易误诊为肝脓肿或肝炎。这种周期性的间歇发作是肝内胆管结石的特征性临床表现。
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