在知几未来研究院粪菌移植系列文章的第一篇《便便简史》中，我们带着大家一起回顾了粪菌移植三起三落的历史，东西方的医学理念和探索最终在粪菌移植上实现了奇特的结合。
在文章最后，也留下了不少基于粪菌移植本身的疑问：现有的婴幼儿及成人供体选择的依据是什么？粪菌移植治愈艰难梭菌感染的机制究竟是什么？粪菌移植安全性如何，是否会传播其它疾病？除了复发性艰难梭菌感染，粪菌移植的治疗适应症是否能进一步扩大？
这也是今天这篇文章，我们要和大家探讨的话题。
01当下：粪菌移植应用的四大困境
艰难梭菌感染是当前粪菌移植应用最多的领域，但至今仍缺乏一致的不良反应信号粪菌移植和艰难梭菌的渊源是从半个世纪前开始的。
随着抗生素时代的开启，临床中抗生素使用越来越频繁。抗生素滥用，除了会导致艰难梭菌大量生长，引发严重腹泻、伪膜性结肠炎、肠梗阻等疾病，还给人类制造了一个前所未有的敌人——对抗生素耐受型的艰难梭菌菌株——在它手下，即便是“身经百战未尝一败”的艰难梭菌一线治疗药物甲硝锉也屡屡战败。
年，甲硝唑正式退出美国传染病协会指导方针。
与此同时，复发艰难梭菌患者与健康人群的肠道菌群差异的也被揭示——移植前Lachnospiraceae、Ruminococcaceae、Bacteroidaceae丰度较低，而Enterobacteriaceae、Lactobacillaceae、Veillonellaceae丰度较高。
因而，在抗生素治疗前，通过粪菌移植（FMT）优先恢复肠道微生物的组成和功能，作为艰难梭菌感染的潜在替代治疗方案迎来了全所未有的