肝内胆管结石病的损害主要是胆管的损害和肝脏的损害，这两个部分的损害互相影响，互相作用，互相叠加，发展到最后的结局就是肝功能的衰竭。
1)胆道系统的损害：包括胆管的狭窄，这种狭窄的原因不是很清楚，寄生虫感染是原因之一，如胆道蛔虫症。胆管狭窄的部位可以出现在左侧肝脏，也可以出现在右侧肝脏，甚至是双侧肝脏。肝外胆管狭窄比较少见。在胆管狭窄的上游，出现胆汁淤积，就会形成肝内胆管结石。这些结石和胆囊内产生的结石不同，是胆色素结石，结石就像泥土块，像煤渣。质地松软，易碎。胆道系统这些损害就会引起胆道梗阻，在胆道梗阻的基础上如果发生感染，就是胆管炎的表现。胆管炎的具体表现取决于梗阻的部位。如果胆管梗阻于大的胆管，病人会有腹痛，剧烈的胆绞痛，伴有发热和*疸。如果在小的胆管梗阻，可以没有腹痛。仅仅有发热，可以发生寒战高热。
2)肝脏的损害：肝脏初期是纤维化，然后就是肝脏萎缩，肝硬化。如果是双侧肝脏的弥漫性结石，最后可以发展成门脉高压症，病人会出现皮肤巩膜*染，腹胀，腹水，不能进食。消化道出血，呕血黑便，低血压休克。低蛋白血症，全身浮肿。最后就是肝性脑病，昏迷。
3)恶性肿瘤：此类病人容易合并肝胆系统的恶性肿瘤，包括肝内胆管结石病相关性胆管癌，肝癌，肝门部胆管癌等等。除了患肝胆系统恶性肿瘤之外，还容易患肝胆系统外恶性肿瘤，如胃癌，结肠癌，淋巴瘤，肾癌等等。总之是恶性肿瘤的好发人群。
总之肝内胆管结石病危害不小，并且会一步步发展，做到早诊断早治疗避免肝胆系统的损害出现，更要避免恶性肿瘤的发生。
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